中文Nova varijanta koronavirusa Soj 501Y-V2 iz Južne Afrike
18. prosinca 2020. Južnoafrička Republika otkrila je 501Y-V2 mutant novog koronavirusa.Sada se južnoafrički mutant proširio u više od 20 zemalja.Eksperimenti su pokazali da novi mutanti virusa korona mogu nositi druge varijante novog koronavirusa mutacija K417N/T, E484K i N501Y koje mogu smanjiti sposobnost neutralizacije plazma neutralizirajućih protutijela izazvanih cjepivom.Međutim, u usporedbi s referentnim genomom Wuh01 (sekvencijski broj MN908947), 501Y.V2 sekvence južnoafričkog mutantnog genoma ima 23 varijante nukleotida.Ima istu mutaciju N501Y kao britanski mutant podtipa B.1.1.7, ali još uvijek sadrži mutacije na dva ključna mjesta E484K i K417N S proteina koje imaju potencijalno važne učinke na sposobnost virusa da zarazi.
Novi koronavirus je jednolančani RNA virus, čije su mutacije genoma češće.Detekcija jednog cilja može lako dovesti do promašene detekcije uzoraka s niskim virusnim opterećenjem i mutiranim sojevima virusa.Stopa ponovnog pregleda u jednom pozitivnom slučaju u otkrivanju cilja može doseći više od 10%, što može povećati radno opterećenje i produžiti vrijeme dijagnoze.Detekcija više ciljeva i uzajamna provjera rezultata svake mete mogu povećati stopu otkrivanja i olakšati ranu dijagnozu.
Slika 1. Shematski dijagram mehanizma infekcije novim koronavirusom
Novi mutant koronavirusa B.1.1.7 iz Britanije
26. prosinca 2020. prvi znanstveni rad o soju B.1.1.7 objavljen je online.Institut za higijenu Sveučilišta London UK i Tropical Diseases, potvrdio je da je soj B.1.1.7 sposobniji za širenje od drugih sojeva, što je bilo više od 56% (95% CI 50-74%).Budući da ovaj novi mutirani soj ima očitiju moć prijenosa, postalo je teže kontrolirati COVID-19.Sljedeći dan, Sveučilište u Birminghamu u Ujedinjenom Kraljevstvu prenijelo je članak na MedRxiv.Studija je otkrila da je broj kopija gena ORF1ab i N virusa kod pacijenata zaraženih mutantnim sojem B.1.1.7 (S-gene dropout) značajno povećan;ova pojava je praćena u populaciji.Ovaj članak ističe da pacijenti zaraženi mutantom B.1.1.7 iz Britanije imaju značajno veće virusno opterećenje, tako da ovaj mutant može biti i patogeniji.
Slika 2. Sekvenca mutacije genoma sadržana u mutiranom soju koronavirusa B.1.1.7 iz Britanije
Slika 3. Mutacija N501Y pojavila se i u Britaniji i u Južnoj AfriciVarijante
Komplet za otkrivanje novih varijanti koronavirusa
Chuangkun Biotech Inc. uspješno je razvio komplet za detekciju B.1.1.7 i 501Y-V2 novih varijanti koronavirusa.
Prednosti ovog proizvoda: visoka osjetljivost, istovremeno otkrivanje 4 mete, pokrivajući glavna mjesta mutacije B.1.1.7 mutantnog soja i 501Y.V2 južnoafričkog mutantnog soja.Ovaj komplet može istovremeno detektirati mjesta mutacije N501Y, HV69-70del, E484K i novi gen za koronavirus S;Brzi test: potrebno je samo 1 sat i 30 minuta od uzimanja uzorka do rezultata.
Slika 4. Krivulja pojačanja varijante COVID-19 u Britaniji
Slika 5. Krivulja amplifikacije južnoafričke varijante otkrivanja COVID-19
Slika 6. Krivulja amplifikacije divljeg tipa novog koronavirusa
Nije jasno kako te mutacije akumuliraju novi dugoročni učinak pandemije COVID-19.No, ovo nas podsjeća da te mutacije mogu utjecati na učinkovitost prirodnog imuniteta i imuniteta stvorenog cijepljenjem.Također nas podsjeća da moramo kontinuirano pratiti novi koronavirus dulje vrijeme i ažurirati cjepivo protiv COVID-19 kako bismo se nosili s evolucijom novog koronavirusa.
Vrijeme objave: 12. ožujka 2021